镇守金厦
郑经是郑成功的长子，生于明崇祯十六年（1643年），生母董氏。清顺治十八年（南明永历十五年，1661年），郑成功率师取台湾，命郑经镇守思明州（今福建厦门），调度沿海各岛。当时郑经十九岁，娶原兵部尚书唐显悦的孙女，虽端庄静正，但是与郑经关系并不和睦。故与四弟郑睿之乳母陈氏（昭娘）私通，生下一子，取名郑克臧。郑经向父亲报告侍妾生了个儿子，郑成功因添孙高兴，赏了一点银物。不料，当时台湾的士大夫一致认为这是乱伦，郑成功遂下令处死昭娘，郑经却暗中将她藏起来。
康熙元年（1662年），唐显悦致书郑成功，指责他治家尚且不严，又怎能治理好一方土地？郑成功大怒，命兄郑泰到思明斩妻子董氏、长子郑经及刚生下来的孙子郑克臧。郑泰与洪旭等人议论说：“夫人和少主怎能杀害呢？”于是提议仅斩陈氏及其子复命。郑成功不准，于是发生诸将联合抗命事件。加上当时郑芝龙在北京被杀，又闻永历帝朱由榔在缅甸遇害，郑成功数痛攻心，遂于康熙元年（1662年）五月初一日病逝。
东征靖难
康熙元年（1662年）五月，郑成功逝世后，在台诸将举郑经之弟郑袭护理国事，而黄昭、萧拱宸等人又以郑经“乱伦”，不堪作为台湾之主，拥郑袭为东都之主，并分兵准备抗拒郑经。消息传来，郑经即在思明继位发丧，以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫，整师准备渡台。
当时正值清靖南王耿继茂、福建总督李率泰遣人前来招抚，郑经为了解除清军的威胁，提出加入清朝的朝贡体系，和康熙帝交涉。康熙帝指出：“朝鲜系从来所有之外国，郑经乃中国之人。”即不同意郑经提出的仿效朝鲜例的请求。郑经便利用停战的机会，于十一月初一（12月11日）进攻台湾，战斗中黄昭被流箭射死，其余将领皆投降。郑经胜利后进入安平城，处死萧拱辰等人，并把郑袭软禁于厦门，结束了这场内斗。
康熙二年（1663年）正月，郑经返回思明。六月，以其伯父郑泰支持黄昭拥郑袭拒己，假意置酒邀郑泰议事，伏甲兵而杀之。郑泰死后，其弟郑鸣骏、子郑缵绪即率所部入泉州降清。十月，清廷调集大军，会合投诚诸军及荷兰舰队进攻金、厦，郑经不敌，退守铜山（今东山县）。这时，耿继茂、李率泰又遣人议抚，郑经仍执前议，声言：“如果清廷仍让我削发、登岸，我将虽死不允。”
经营台湾
康熙三年（1664年）三月，在许多将领叛去的情况下，郑经与洪旭等率师东渡，于初十日抵达台湾。到达台湾后，郑经继承郑成功的政策，分配诸镇垦荒，寓兵于农。在台湾建立行政体制，设立六部管理政务。任命洪磊管吏部、杨英管户部、叶亨管礼部、陈绳武管兵部、柯平管刑部、谢贤管工部。厚待明朝到达台湾的诸宗室，以王礼相待宁靖王朱术桂。在承天府起盖房屋，安插诸宗室及乡绅。八月，改东都为东宁，升天兴、万年二县为州。把政事委于陈永华。陈永华善治国，督诸镇垦田，栽种五谷，插蔗煮糖，修埕晒盐，广事兴贩，国用日足。又采纳陈永华“建圣庙，立学校”的建议，并以陈永华为学院，“自此台人始知学”。还接纳洪旭“文事、武备，两者不可缺一”的建议，令各镇于农隙时教习武艺，“春、秋操练阵法”；并檄各镇，入深山采办桅舵，修葺、兴造船舰。平时装载货物，兴贩各国。从此，“台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。
当时，英国和西班牙先后遣人来访，郑经许其通商，但拒绝西班牙在台设教的要求，并面告西班牙使者：华人到吕宋（菲律宾）经商，不许西班牙人寻衅生事、刁难勒索，如果背约，将立刻派人前去问罪。康熙六年（1667年）到康熙八年（1669年），清廷又两次派人到台湾议抚，郑经均坚持“照朝鲜事例”，和议均未成。
郑经退守台湾后，试图透过贸易来提升国力。因为清朝实施迁界令，他接受陈永华的提议，贿赂清朝将领进行走私。由沿海流民负责转运货物，当时台湾的汉人男多女少，甚至进行妇女的人口贩卖。流民也负责替郑军据守岛屿。
德川幕府是郑氏王朝重要的贸易伙伴，台湾大量输入日本银、铜、铅、盔甲，以支援战争的需要，双方的贸易量在康熙四年（1665年）到康熙十一年（1672年）达到高峰， 而为了加强郑、日的贸易关系，郑经允许日本商人住在基隆。
英国东印度公司也因郑经的邀请前来台湾，双方于康熙十一年（1672年）签订通商条约。 [9] 郑经因此透过英国获得火药和兵器，英国人也帮助郑军训练炮兵，郑经还借用英军炮兵作战。
西攻大陆
康熙十三年（1674年）4月21日，耿精忠响应吴三桂发起的叛乱，以提供战船给郑经，换取出兵，郑经应允此事。五月，在授职世子郑克臧为监国，命陈永华辅政后，郑经从台湾出发，抵达厦门，要求耿精忠将漳州、泉州交给自己。耿精忠这时已经拥有整个福建，认为郑经兵力太少，早已取消和他共同作战，拒绝郑经的要求。郑经于是占领海澄、同安，耿精忠则以断绝和郑经贸易作为报复，双方开始交恶。
但是泉州、漳州、潮州陆续投靠郑经，耿精忠见郑经声势逐渐高涨，向他交涉，希望将泉州交还，郑经不允许。耿精忠决定用武力夺回泉州，郑经派刘国轩于涂岭（今泉港区涂岭镇）击退耿军，接着又为了争夺漳浦而发生战斗。直到康熙十四年（1675年）正月，耿精忠履行之前的约定，提供5艘战船给郑经，并以枫亭（今仙游县枫亭镇）为界线，北方属耿精忠、南方属郑经，双方才停止斗争。
郑经虽于之前两次击退广东的清军，仍然有潮州府的辖县不肯服从。与耿精忠和解之后，郑经打算南征潮州，他先派刘国轩击败尚之信，自己率军抵达海澄。这时漳州守将黄芳度私底下和清朝联系，郑经怀疑他的忠诚，要他出城和自己见面、或者是派兵一同进攻，这两项命令黄芳度都不服从，并于六月举兵反抗。郑经亲自包围漳州，于十月初六（11月22日）将漳州攻陷，迫使黄芳度投井自杀。为了报复黄梧破坏郑家祖坟，郑经车裂黄梧、黄芳度的尸体，黄芳度留在漳州的族人都被处死。
康熙十五年（1676年），广东尚之信再次遭郑军击败，只得加入三藩反清阵营，并将惠州割让给郑经。这时郑经已经拥有漳州、泉州、潮州、惠州四座首府，但附近都是盟友，没有清军的领土让他夺取，因此容易因领土争夺和盟友起冲突。五月，耿精忠打算会合吴三桂进攻江南，征召汀州总兵刘应麟出师，刘应麟不愿派兵，暗中联络郑经，攻下汀州。
这件事造成郑、耿同盟再次破裂，耿精忠面临郑、清包围，只好向清朝投降。少了耿精忠，郑经必须直接对抗清军主力，他先派3万人进攻福州，却于十月十五（11月20日）在乌龙江被清军击败，其他领地也相继失守，郑经只得退回厦门。
晚年生活
郑经战败后，试图坚守厦门。他派出将领防守福建、粤东、浙南沿海的岛屿，稳定军心，等到刘国轩返回厦门，郑经任命他统帅大军，准备反攻闽南，在康熙十六年（1677年）和谈中，清朝康亲王杰书向郑经许诺，如果郑军撤离大陆沿海岛屿，退守台湾，就答应台湾变为藩属，与台湾“通商贸易，永无嫌猜”。
康熙十七年二月十八（1678年3月10日），郑经派遣刘国轩先攻下虎渡桥，切断漳州、泉州的联系，经过约3个月的包围，于7月28日（六月初十）攻陷海澄，但接下来在漳州、泉州一带的战斗，都没取得决定性的胜利，战况出现僵局。康熙十七年（1678年）和谈中，清朝将领赖塔给郑经信称，如果郑军肯退守台湾，则“本朝何惜海外一弹丸之地”，郑氏可永据台湾，“从此不必登岸，不必剃发，不必易衣冠。称臣纳贡可也，不称臣，不纳贡亦可也。以台湾为箕子之朝鲜，为徐福之日本”。十二月，清朝再度恢复迁界令，北从福州、南到诏安的沿海都设立要塞， 并且盖围墙当作界线，使得郑氏王朝的商业活动大受打击，无法再透过贿赂清将进行交易。经过多年的征战，郑氏王朝的财务已经严重透支，军队又缺乏补给，郑经只得放弃东南沿海的所有据点。
康熙十九年（1680年）正月，清福建水师提督万正色率舟师进攻金、厦。郑经以右武卫林陛督师抵御，刘国轩部亦自海澄来援，战皆不利，郑经率诸将回台湾。其母董夫人见而责之曰：“七府连败，二岛亦丧，皆由汝无权略果断，不能任人，致左右窃权，各树其党。”郑经无言以对。秋八月，清贝子赖塔复致书郑经，准照朝鲜事例，“不剃发，不登岸，称臣入贡，俾沿海生灵永息涂炭”。郑经复书，请如约，请要求留海澄为互市地。福建总督姚启圣不许，和议又再次搁置。