梦做阎王
民国四年，袁世凯想做皇帝，深怕章太炎先生反对，先期诱至北京，幽于龙泉寺；先生忧愤之余，梦做阎罗王。当时有报宗仰和尚书云：
「仰上人侍者：快接复曹，神气为开，所问幻梦事状，今试笔述，愿上人评之。去岁十二月初，夜梦有人持刺，请吃午餐，阅其主名，则王鏊也。（王，震泽人，明武宗时贤相。）走及门外，已有马车；至其宅中，主人以大餐相饷；旁有陪客，印度人、欧洲人、汉人皆与。各出名刺，汉人有夏侯玄、梅尧臣。余问王公：“读史知先生各德，而素无杯酒之欢，今兹召饮，情有所感。”王曰：“与君共理簿书事耳！梅君则总检察，吾辈皆裁判官，以九人分主五洲刑事；而我与君，则主亚东事件者也。”余问王曰：“生死为寿量所限，轮回则业力所牵；大自在天尚不能为其主宰，而况吾侪？”梅氏答曰：“生死轮转，本无主者，此地唯受控诉，得有传讯逮捕事耳。传讯者不皆死，逮捕则死矣。既判决处分后，至彼期满释放后，又趣生诸道，则示非此所主也。”余念此论，颇合佛法，与世俗传言焰摩主轮回生死者不同。因复问言：“铁床铜柱，惨酷至极，谁制此法者？”皆答曰：“此处本无制法之人；吾辈受任，亦是阎浮提人公举，无有任命之者。法律，则参用汉、唐、明、清及远西日本诸法，本无铁床铜柱事也。受罪重者，禁捆一劫；短则有百年。而笞杖之与死刑，皆所不用。吾辈尚疑狱卒私刑，以铁床铜柱，困苦狱囚，因曾遣人微往视之，皆云无有。而据受罪期满者言，则云确受此痛。”余曰：“狱卒私刑，非觇察所能得，吾此来当与诸公力除此敝何如？”王答曰：“固吾心也。”遂返。明日复梦到署视事。自后夕夕梦之，所判亦无重大案件，唯械斗谋杀，诈欺取财为多。如此幻梦不已，而日曜（星期日）之夜，则无此梦。余甚厌之。去岁梦此二十余日；一日，自书请假信条焚之，夜亦无梦。一夕，尽换狱卒，往询囚徒，云：“仍有铁床铜柱诸苦。”因问此具何在？囚徒皆指目所在，余则不见，归而大悟。佛典本说此为化现，初无有人逼迫之者，实罪人业力所现耳。余之梦此，是亦业感也。今春以人参能安五脏，买得服之，并于晚饭后宴坐观心一小时顷，思欲去此幻梦，终不可得。来示谓不作圣解，此义鄙人本自了然。但比量上知其幻妄，而现量上不能除此翳垢，自思此由嗔心所现故耳。吾辈处世，本多见不平事状。三岁以来，身遭患苦；而京师故人，除学生七、八人外，其余皆俯仰炎凉，无有足音过我者。更值去岁国体变更问题，心之嗔恚，益复炽然，以此业感，而得焰摩地位，固其所宜。息嗔唯有慈观，恐一行三昧，亦用不着。慈观见涅盘经，虽说其义，而无其法；亦如竟无从下手耳。想上人必有以教我也。（所嗔之事，有何体性？能嗔之心，作何形象？未尝不随念观察，而终不能破坏。）......章炳麟和南三月三十日
大师趣事
章太炎最喜欢吃带有臭味的卤制品。画家钱化佛是章府常客。一次，钱带来一包紫黑色的臭鸡蛋，章见后大喜，慷慨问道：“你要写什么，只管讲。”钱立时向章索要“五族共和”四个字。后来，钱又不断带来苋菜梗、臭花生等臭物，换得题字一百多张。钱将这些字裱好，挂于自家店中，以每条十元售出，小赚了一笔。
文字学养
俞樾因太炎提倡排满革命，曾声言“曲园无是弟子”，章曾就此撰有《谢本师》一文，收入《訄书重订本》，又有《俞先生传》，收入《太炎文录》。但太炎治学，由小学入门，主张音韵文字相通，以此为基础，结合西学，恢弘清代诸子学之门户，其方法一本曲园师承，绝非自立门户。
章太炎曾在晚清时与《新世纪》报吴稚晖等人争论汉字前途，反对在中国采用“万国新语”（世界语）。乃依篆书创造记音字母，作为汉字初学的注音手段，以保存汉字。民国三年，由其弟子钱玄同、许寿裳、周树人促成教育部通过，作为国语注音符号，即今日仍在台湾通用之注音符号前身。
医学方面
章太炎也精通医学，著有《霍乱论》、《章太炎医论》（原名《猝病新论》）。曾有人问章太炎：“先生的学问是经学第一，还是史学第一？”，他答道：“实不相瞒，我是医学第一。”章太炎也说过：“我的学问不是经学第一，也不是史学第一，而是医学第一。”
与袁世凯
章太炎被袁世凯幽禁在北京龙泉寺，仅弟子钱玄同可以随时进见。袁世凯每月提供给他生活费500元，雇厨子一人、听差两人以供侍奉。他毫不客气，晓谕听差和厨子必须每日向他请安三次，清晨9时一次、下午3时一次、晚上9时一次，请安方式为打躬，不得违误，若有差池重责不贷。听差厨子唯唯不敢稍忘。有时已下午3时，章犹自午睡不醒，听差必联袂入房，就枕畔低语：“大人醒来，打更时间到了！”按例章可每日享受两个大洋的菜肴，极尽丰盛，他便要求只做一块钱的，剩下的一块钱公然饱入私囊。即便是这一个大洋的菜肴，光他一人享用也过于丰盛，他从来只吃摆在面前的两个菜，对摆在远处的则懒得举箸。久而久之伺侯他的两个听差便只把一些清淡的素菜放在他的近处，而把鲜腴的菜肴放在远处，等他吃完后，听差们便自己享用。后来钱玄同晓得了，便和官方取得联系，将两个听差革职。
1915年章太炎被袁世凯软禁期间，被迫写“劝进书”，书云：“某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。某困处京师，生不如死！但冀公见我书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀！”据说，老袁气得冒烟，又自嘲说：“彼一疯子，我何必与之认真也！”时称章太炎为“民国之祢衡”。
与刘半农
“五四运动”时期兴起的白话文运动之中，有一位北大教授，名刘复，字半农，他发出一种论调说“文言文是死的文字，什么人再写文言文，就是死人；白话文是活的文字，凡是写白话文的，就是活人。”刘半农采访章太炎时，就问其对白话文的见解如何，章太炎说：“白话文不自今日始，我国的《毛诗》就是白话诗。历代以来，有白话性的小说，都是以当时的言语写出来的，写得最好的是《水浒》、《老残游记》等，甚至有用苏州话写的《海上花列传》。但是你们写的白话文，是根据什么言语做标准？”刘半农侃侃而谈说：“白话文是以国语为标准，国语即是北京话。”章太炎听了哈哈大笑，问刘半农：“你知不知道北京话是什么话？”刘半农不假思索答说：“是中国明清以来，京城里人所说的话。”章太炎就以质问的口吻问刘半农：“明朝的话你有什么考据？”刘半农呆着无词以对。章师就用明朝的音韵，背诵了十几句文天祥的正气歌，其发音与北京话完全不同，接着就说：“现在的国语，严格地说来，含有十分之几是满洲人的音韵，好多字音都不是汉人所有。”这番话说出，刘半农更呆住了好久，说不出一句话来应付。
章太炎又说：“如果汉人要用汉音，我也可以背诵一段汉代音韵的文字。”说完他就背了两首汉诗，许多字的音韵都与现代不同。他又问：“你知不知道现在还有人用汉代音韵或唐代音韵来讲话的？”这时，刘半农已听得呆若木鸡，这一问他倒振作起来，便说：“现在哪里有人用汉音来说话？”他说得好像振振有词的模样。
章太炎说：“现在的高丽话，主要语是汉音，加上了唐朝的唐音、朝鲜的土话和外来话，即是今日的高丽话。”接着他说：“还有日本话，主要的中国字，称为汉字，即是汉音，其余的联缀词，日本各地的土音，又加上了近代各国外来语，就成为现在的日本。日本人的发音，各处不同，以东京为正宗，汉音也最准。各道各县的发音，连东京人也听不懂，这是你刘半农先生不研究‘小学’，不研究‘音训’，不曾研究过《说文》，所以你听了我的话，可能会觉得很奇怪。”刘半农面有赧色，无词以对。
章太炎又说：“我知道你曾经在北方的报纸上，征求过‘国骂’的字句及各地方骂人的话，第二天早上，就有人到你学校中，在课堂上讲出许多骂你老母的地方话。所以后来你就不敢再做这件工作，现在我来骂几句给你听。”接着就说汉代的骂人话，是×××出于何书，唐朝骂人的话，是×××出于何书，直说到上海人宁波人，以及广东人的三字经，完全骂出来。看起来好像供给他资料，事实上把刘半农祖宗三代都骂到了。这时已超过午餐时间，刘半农同来的人就出来向章师作揖说：“我们麻烦老师很久，现在我们要告辞了。”
交往胡适
胡适著有《中国哲学史大纲》一书，出版时特送了一本给章太炎，上写“太炎先生指谬”，下署“胡适敬赠”，人名旁边便用标点符号。章看到自己名旁加了黑杠，不禁大骂：“何物胡适！竟在我名下胡抹乱画！”及至看胡的名旁也有黑杠，才消了气说：“他的名旁也有一杠，就算互相抵消了罢！”案此传说实不可信，章太炎在晚清时出版的《訄书》（铅印本）等著作就曾采用旁线作为人名、书名号。所谓新式标点，在晚清以及明治时代的日本就已经发端了，不至于对此感到惊讶。
章太炎又有一致胡适之白话信，抬头曰：“适之你看”，盖直译旧时信函“某某大鉴”之体也。
受刘歆《七略》的影响，以《国故论衡》中《原学》等篇为代表，章太炎主张“九流皆出王官”说，而后来胡适著《诸子不出于王官论》，提出相反的意见。
征婚启事
章太炎也是最早刊登征婚启事的名人之一，有人问他择偶的条件，他说：“人之娶妻当饭吃，我之娶妻当药用。两湖人甚佳，安徽人次之，最不适合者为北方女子，广东女子言语不通，如外国人，那是最不敢当的。”后经过蔡元培介绍，与汤国梨女士结为夫妇，婚礼当天，皮鞋左右颠倒，一时大窘。
政治方面
章太炎早年在日本主编《民报》时，曾主张社会主义，与片山潜等日本社会主义者过从甚密，并由此反思西方的进化论及现代文明，撰写了《俱分进化论》、《五无论》等著作。据传，章太炎逝世的时候，只愿以五色旗覆盖，不承认青天白日满地红旗。
其他方面
章太炎逝世后，因对日战争爆发，暂厝于苏州锦帆路寓所水池中。解放后，浙江省人民政府按其遗愿，葬于杭州西湖南屏山南明遗臣张苍水墓旁。“文革”初期遭暴尸，后又重新安葬。汤国梨卒后，亦一并安葬于此。今设有章太炎纪念馆。
文化大革命后期的“评法批儒”运动中，章太炎被当作法家体系在晚清的代表而得到发掘，当时上海人民出版社组织并“解放”了一批学者，编辑了若干章太炎诗文、著作的选本和注释本。这一系列工作，虽然受到政治风潮的影响，但也在一定程度上奠定了八十年代以后编校《章太炎全集》和重建章学研究的人员基础。
早年时期
同治七年十一月三十日（1869年1月12日），章太炎出生于一个地主家庭。章太炎起初跟从外祖父朱有虔（左卿）学习，自称：“余十一岁时，外祖朱左卿授余读经，偶读蒋氏《东华录》曾静案，外祖谓：‘夷夏之防，同于君臣之义。’余问：‘前人有谈此语否？’外祖曰：‘王船山、顾亭林已言之，尤以王氏之言为甚。谓‘历代亡国，无足轻重，惟南宋之亡，则衣冠文物，亦与之俱亡。’余曰：‘明亡于清，反不如亡于李闯。’外祖曰：‘今不必作此论，若果李闯得明天下，闯虽不善，其子孙未必皆不善，惟今不必作此论耳。’余之革命思想伏根于此。 ”
光绪十六年（1890年），章太炎到杭州诂经精舍学习，诂经精舍的主持人是俞樾，俞樾是从顾炎武、戴震、王念孙、王引之等一脉相承下来的清代著名朴学大师，撰有《群经平议》、《诸子平议》、《古书疑义举例》，校正群经，诸子句读，审定文义，并分析其特殊文法与修辞，治学方法缜密，章太炎受其影响，埋头研究学问，前后一共有八年之久，期间章太炎收获颇大。
光绪二十年（1894年），中日甲午战争中中国被日本侵略者打败，在民族危机深重的刺激下，章太炎毅然走出书斋，听到康有为设立强学会，“寄会费银十六圆入会”
并于光绪二十二年（1896年）年末辞别俞樾，来到上海，担任《时务报》编务。章太炎当时的办报主张是“驰骋百家”，“引古鉴今”，“证今则不为巵言，陈古则不触时忌”。[5] 他在《时务报》任职不久，文章也只发表《论亚洲宜自为唇齿》和《论学会有大益于黄人亟宜保护》两篇。他认为凡是西方资本主义国家的长技，都可以被中国所借鉴，并且可以作为改变成法的参考，例如举办“有益于黄人”的学会。应该“修内政”，行“新制度”，不能“惟旧章之守”，而须“发愤为天下雄”。他认为“变郊号，柴社稷，谓之革命；礼秀民，聚俊才，谓之革政。”在当时的社会条件下，应该“以革政挽革命”，亦即实施政治改革。与此同时，章太炎又编撰《经世报》、《实学报》和《译书公会报》。还于光绪二十四年（1898年）上书李鸿章，企求他能把握世界的潮流实行改革。也曾跑到武昌，帮助张之洞办《正学报》，幻想借助他的实力推动维新变法。不久，维新派推动的百日维新夭折，章太炎避地台湾。他对戊戌六君子的惨遭杀戮深表愤慨；对康有为“内不容于谗构”而“见诋于俗儒乡愿者”为之解脱；对以慈禧太后为首的顽固派的专制骄横极为仇恨，“讨之犹可，况数其罪乎？”经历维新新政的破灭，他的“革政”思想较前又有发展。
鼓吹革命
光绪二十五年（1899年）夏天，章太炎东渡日本，在京都、东京等地为反清做准备，并与梁启超等人修好，之后返回上海参与《亚东时报》编务工作。此时章太炎的排满观和古文经立场日益明确，在苏州出版了其著作《訄书》的第一版，由梁启超题签。
光绪二十六年（1900年），义和团运动爆发，八国联军侵华等相继发生，慈禧太后等顽固派的卖国原形暴露无遗，章太炎受到极大震动，从维新梦中醒来。7月，在上海召开的中国议会上，他激烈反对改良派提出的“一面排满，一面勤王”的模糊口号，“宣言脱社，割辫与绝”，撰《解辫发》以明志。对过去设想的“客帝”、“分镇”也进行了纠正，说是“余自戊、己违难，与尊清者游而作《客帝》，饰苟且之心，弃本崇教，其违于形势远矣”。进而提出：“满洲弗逐，欲士之爱国，民之敌忾，不可得也。浸微浸削，亦终为欧、美之陪隶已矣。”接着，章太炎树起反清的旗帜，开始向改良派展开斗争。光绪二十七年（1901年），章太炎在东京《国民报》发表《正仇满论》，尖锐批判梁启超：“梁子所悲痛者，革命耳；所悲痛于革命，而思以宪法易之者，为其圣明之主耳。”
光绪二十八年正月（1902年2月），章太炎再次被追捕，流亡日本。初住横滨，后入东京，和孙中山结识，他们共同商讨推翻清朝之后的典章制度和中国的土地赋税以至建都问题，《訄书》重印本《相宅》和《定版籍》中，就记录了他俩当时的讨论情况。6月，章太炎返回祖国，为上海广智书局修改他的译文，曾译述日本岸本能武太所著《社会学》。他还修改了《訄书》，并立下了编修《中国通史》的志向，认为“所贵乎通史者，固有二方面：一方以发明社会政治进化衰微之原理为主，则于典志见之；一方以鼓舞民气，启导方来为主，则亦必于纪传见之” 。
光绪二十九年二月（1903年3月），章太炎到中国教育会赞助成立的上海爱国社任教。这时，抗法拒俄运动展开，革命形势发展，而康有为却发表了《与同学诸子梁启超等论印度亡国由于各省自立书》和《答南北美洲诸华商论中国只可行立宪不可行革命书》，反对革命党公开攻击满族统治者，以为立宪可以避免革命造成的惨剧，鼓吹光绪帝复辟。章太炎看到后，公开批驳康有为，指出康有为所谓的“满汉不分，君民同治”，实际上是“屈心忍志以处奴隶之地”。光绪帝只是“未辨菽麦”的“小丑”，他当初赞成变法，不过是“保吾权位”，如果一旦复辟，必然将中国引向灭亡。章太炎赞美革命：“公理之未明，即以革命明之；旧俗之俱在，即以革命去之。革命非天雄、大黄之猛剂，而实补泻兼备之良药矣。”他又为邹容《革命军》撰序，说是“夫中国吞噬于逆胡二百六十年矣，宰割之酷，诈暴之工，人人所身受，当无不昌言革命”。
革命讲学
光绪三十二年（1906年）6月29日，章太炎出狱，中国同盟会派员至沪迎章太炎赴日。他在日本加入中国同盟会，主编中国同盟会机关报《民报》。他在东京留学生欢迎会上发表演说，述“平生的历史与近日办事的方法”，认为最紧要的是：“第一，是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，是用国粹激动种性，增进爱国的热肠。”他说：“近来有一种欧化主义的人，总说中国人比西洋人所差甚远，所以自甘暴弃，说中国必定灭亡，黄种必定剿绝。因为他不晓得中国的长处，见得别无可爱，就把爱国爱种之心，一日衰薄一日。若他晓得，我想就是全无心肝的人，那爱国爱种之心，必定风发泉涌，不可遏抑的。”认为“古事古迹，都可以动人爱国的心思”。章太炎在《民报》上发表了不少政论，基本上是宣扬同盟会的革命纲领的。在《民报一周年纪念会祝辞》中强调：“扫除腥羶，建立民国。”《民报一周年纪念会演说辞》说：“革命大事，不怕不成；中华民国，不怕不立。”由章太炎手撰，以“军政府”名义发表的《讨满洲檄》，更明确指出：“自盟而后，为扫除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权。有谕此盟，四万万人共击之。”
章太炎在论文中强调革命党自身的建设，认为“优于私德者亦必优于公德，薄于私德者亦必薄于公德。而无道德者之不能革命，较然明矣”。指出革命者必须“确固坚厉，重然诺，轻死生”，应该做到“知耻”、“重厚”、“耿介”、“必信”，要有“革命之道德”。章太炎在论文中深刻揭露改良派“竞名死利”、“志在千禄”的丑态。并说：“夫其所操技术，岂谓上足以给当世之用，下足以成一家之言耶？汗漫之策论，不可以为成文之法；杂博之记诵，不可以当说经之诂；单篇之文笔，不可以承儒、墨之流；匿采之华辞，不可以备瞽蒙之颂；淫哇之赋咏，不可以瞻国政之违。既失其末，而又不得其本，视经方陶冶之流，犹尚弗及，亦曰以是哗世取宠而已”。指出改良派的“谋立宪”，只能使“豪民得志，苞苴横流，朝有党援，吏依门户，士习嚣竞，民苦骚烦”，表示坚决反对。他还在《民报》上刊发别人批驳《新民丛报》的文章。章太炎在《民报》上发表的文章，大都针锋相对，文字锐利，“真是所向披靡，令人神旺”。
自光绪三十一年（1905年）起，章太炎在《国粹学报》上发表若干学术文字，并在东京开设国学讲习班，“宏奖光复，不废讲学”。此前，光绪二十九年（1903年），章太炎与近代古文经学另一重镇刘师培定交，此后因学术祈向相近而交往日密，遂发生被刘师培与妻子何震诬蔑叛变事件。又与孙中山、汪精卫、黄兴等因《民报》不合，乃由提倡光复转入专心论学，著有《文始》《新方言》《国故论衡》《齐物论释》等。其中《国故论衡》为近代学术史上有数之巨制，开辟了汉语言文字学、经学、文学及哲学、心理学的现代化研究的先河。宣统元年（1909年）又编有《教育今语杂志》，撰写若干白话述学著作，以普及学术。
民国之初
宣统三年（1911年），武昌起义胜利之后，章太炎提出了“革命军起，革命党消”的错误口号，主张解散同盟会，并和一些立宪党人在一起，组织中华民国联合会。民国元年（1912年）1月1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统，聘任章太炎为总统府枢密顾问，他不愿常驻南京，返回上海。2月中旬，在讨论建都问题时，章太炎主张建都北京，认为“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者则存留之，不能事事更张也”。他依恋旧制度，说“专制非无良规，共和非无粃政”，“政治法律，皆依习惯而成”，主张中央“特建都察院”，“限制元首”，地方“废省存道”，而对代议民主制则表示反对，主张“限制财产”，又以“夺富者之田以与贫民”为“大悖乎理”。
南北议和告成，袁世凯上台，章太炎幻想袁世凯“厉精法治”，“以厝中夏于泰山磐石之安”。在用人问题上，以为“同盟会人材乏绝，清流不归”。反对“政党内阁”，提出“取清时南方督抚有材名者以充阁员之选”。说什么：“汉之良相，即亡秦之退官；唐之名臣，即败隋之故吏。”主张“循旧贯”，用“老吏”。将中华民国联合会与一些小政团合并，改组为统一党，以后更与民社等并为共和党，推黎元洪为理事长。
袁世凯给了章太炎一个总统府高等顾问的空衔，不久又委任为东三省筹边使，调出北京。章太炎兴致勃勃地跑到东北去“兴办实业”，设东三省筹边使署于长春，拟《东三省实业计划书》，提出“设立三省银行，以圆易吊，使民易知”，并铸造金币。“欲铸金币，又不可不预浚金源，非开办金矿，收买金砂，不足以供鼓铸。又请开浚松花江、辽河，去其淤梗，以利交通”。还拟“组织报馆”，“设会研究”。但没有多久，宋教仁遇刺，血的教训使他猛醒过来，他沉痛地《挽宋教仁》：“愿君化彗孛；为我扫幽燕”，开始对袁世凯不信任了。4月，章太炎托事南行。5月，他又亲赴武昌，拜谒了黎元洪，在湖北致电袁世凯，请求免除梁士诒、陈宧、段芝贵、赵秉钧“四凶”的职位。接着，由武汉到了北京，袁世凯设法笼络章太炎。5月25日发令“章炳麟授以勋二位”，“冀以歆动”。6月4日，章太炎离京来沪。而他早先提议在东北筹设实业银行的借款，财政部长梁士诒不肯盖章，章太炎“实业计划”落空，感到“大抵政府之与我辈，忌疾甚深，骂亦阻挠，不骂亦阻挠”，于是决计“辞差”，“奉身而退”。
遭袁迫害
民国二年（1913年）4月，章太炎从长春返回上海。7月，孙中山、黄兴举兵武力讨袁，章太炎却不信赖，说什么“讨袁者亦非其人”。他既骂袁世凯“用心阴挚，正与西太后大同”，又说孙中山“与项城一丘之貉”。“谓宜双退袁与孙、黄，改建贤哲，仆则承命”。以为“若为久远计，凡一政党，非有实业为中坚，即有侠士为后应，无此即不足以自树。非实业则费用不给，而政府得以利用之矣；非侠士则气势不壮，而政府得以威喝之矣”。以为总统改选，“大抵仍宜推举黄陂，必不肯任，然后求之西林”。“黄陂之廉让，可望责任内阁；西林之果毅，可望廓清贪邪”。黎元洪（黄陂）也好，岑春煊（西林）也好，都是清朝旧官僚，民国新军阀，章太炎对这些人寄以厚望，他已彷徨歧途了。
6月，章太炎与汤国梨结婚。8月，章太炎“冒危入京师”，一方面看到“京邑崎岖，道路以目”，以为“吾虽微末，以一身撄暴人之刃，使天下皆晓然于彼之凶戾，亦何惜此孱形为”，表示不畏强暴，敢临虎穴；另一方面又以为“共和党势渐扩张，此为可熹”，“连日议员入党者，已增三十人矣，骥老伏枥，志在千里，况吾犹未老耶？”但是，袁世凯对章太炎还是不肯放松，对他加紧迫害，把他软禁起来，梁士诒、赵秉钧等还欲“捏造证据，置章于死”。
民国三年（1914年）1月，章太炎欲乘车离京，为军警所阻。7日，“以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯之包藏祸心”，仍被监禁。曾决意绝食，“以死争之”，自云：“不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，吾何言哉！”直到民国五年（1916年）袁世凯死后，才被释放。在监禁期间，编成《章氏丛书》初编。
参与护法
民国五年（1916年）6月，章太炎由北京南返。这时，孙中山也在上海，曾两电黎元洪规复约法，尊重国会；章太炎也认为“约法、国会，本民国固有之物，为袁氏所摧残”，主张维护。此后，他多次和孙中山一起参加会议，基本主张与孙中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇庆，去看望岑春煊，更出游南洋群岛，一直到年末才回国。孙中山致电黎元洪，认为章太炎“硕学卓识，不畏强御，古之良史，无以过之，为事择人，窃谓最当”，推举章为国史馆长。
民国六年（1917年）3月，段祺瑞召集督军团在北京开会，商讨对德宣战。5月7日，国会讨论参战案；10日，段祺瑞组织“公民请愿团”等，包围国会，殴辱议员。章太炎和孙中山两次致电黎元洪，要求严惩“伪公民犯法乱纪之人”，“严惩暴徒主名”，“勿令势要从旁掣肘”。6月7日，张勋率军北上，与段派集议，电黎“调停须先解散国会”。孙、章联电陆荣廷等南方各省督军、省长，指出：“调停战事之人，即主张复辟之人；拥护元首之人，即主张废立之人。”“叛人秉政，则共和遗民必无噍类”。又联名致电陈炯明：“国会为民国之命脉，调和乃借寇之资粮”，“今者群盗鸱张，叛形已著，黄陂与之讲解，实同降伏”。
7月1日，张勋复辟。3日，章太炎与海军总长程璧光等在孙中山的住处秘密商议，筹划反对张勋的复辟举动。接着，与孙中山、廖仲恺、朱执信、何香凝乘海琛舰由上海启程赴广州，于7月17日抵粤。当有人询以讨逆计划时，章太炎即答以：“余此次偕孙中山来粤，所抱之希望颇大”，“讨逆之举，即为护法而起，惟不违法之人而后可以讨逆”。永丰、同安、豫章三舰抵达黄埔，孙、章一起前往迎迓。广东各界开欢迎海军大会，孙中山、程璧光到会，章太炎亦参加。9月1日，国民非常会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，章太炎任护法军政府秘书长，《大元帅就职宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中说：“民国根本，扫地无余，犹幸共和大义，浃于人心，举国同声，誓歼元恶”，誓“与天下共击破坏共和者”。此后，因护法军政府中派系斗争激烈，章“欲西行”，孙中山劝以“不当先去以失人望”，章太炎表示愿为军政府争取外援，到云南联络唐继尧。当他抵达昆明后，多次向唐继尧进言，促唐继尧东下，但唐继尧始终是托故不出。
背孙反共
民国八年（1919年），五四运动爆发，工人革命运动日渐发展，章太炎却由反对军阀割据逐渐演变为赞成军阀割据。民国九年（1920年）11月，湖南通电湘省自治，章太炎随即在北京《益世报》发表《联省自治虚置政府议》，认为宜虚置中央政府，军政则分于各省督军。接着，又主张使地方权重而中央权轻，各省自治为第一步，联省自治为第二步，联省政府为第三步，还必以本省人充军民长官。这种联省自治说，和孙中山的统一主张背道而驰。民国十年（1921年）5月，孙中山在广州就任非常大总统职，章太炎以为非法，并以“联合自治不可反对为献”。
民国十二年（1923年）1月，孙中山在上海发表《和平统一宣言》，章太炎以为“统一利害，久处南方者自知，若谓借此以缓最高问题，则亦非计”。次年1月，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开，通过了《中国国民党第一次全国代表大会宣言》，接受了中国共产党所提出的反帝反封建的主张，分析和批判了当时社会上流行的各种错误的、反动的政治流派，包括“联省自治派”，宣告取消不平等条约；孙中山又系统讲述了三民主义。10日，决定应冯玉祥的电邀，“即日北上”。章太炎对改组后的中国国民党表示不满，在国民党右派冯玉祥自由等的怂恿下，发出《护党救国宣言》，“冀以同盟旧人，重行集合团体”。不久，冯玉祥自由组织中国国民党同志俱乐部，章太炎也组织了辛亥革命同志俱乐部，背离孙中山，反对共产党。
晚年抗日
民国十四年（1925年），“五卅运动”发生，章太炎发出《为上海英租界巡捕惨杀学生之通电》。“以为英捕而不治罪，固不足以肃刑章；英捕而果治罪，亦未必足以防后患。惟有责成外交当局，迅速收回租界市政，庶几一劳永逸，民庆再生”。
民国十六年（1927年），章太炎赋诗自述：“见说兴亡事，拿舟望五湖”。晚年在苏州讲学，组织国学会，欲“甄明学术，发扬国光”。民国二十二年（1933年），刻《章氏丛书续编》于北平，所收不多，而更纯谨，且不取旧作，当然也无斗争之作，先生遂身衣学术之华衮，粹然成为儒宗”。但是，当帝国主义蹂躏中国，中华民族灾难深重的时候，章太炎起来谴责国民党“怯于御乱而勇于内争”。民国二十一年（1932年），北上见张学良；次年，又与马相伯等联合发表“二老宣言”、“三老宣言”：“对于当前日本之侵略暴行，不仅作消极之抵抗，同时更应动员全民族积极收复失地、根本消灭伪国”，呼吁抗日。民国二十四年（1935年），一二九运动发生，宋哲元进行压制。章太炎致电宋哲元：“学生请愿，事出公诚，纵有加入共党者，但问今之主张何如，何论其平素。”
12月24日，上海学生北上请愿，国民党加以阻挠，章太炎“对学生爱国运动深表同情。但认政府当局，应善为处理，不应贸然加以共产头衔，武力制止”。请愿学生经过苏州时，又“派代表慰劳，并嘱县长馈食”。他“瞻顾民族之前途，辄中心忉怛而未能自己”，临终前，在《答友人书》中还说：“北平既急，纵令勉力支持，察省必难兼顾。盖非常之时，必以非常之事应之。令共党之在晋北者，其意不过欲北据河套，与苏俄通声势耳。此辈虽多狙诈，然其对于日军，必不肯俯首驯伏明甚”。管章太炎不可能对共产党有真正认识，但他对共产党的坚持抗战、国民党的“不抵抗主义”还是觉察的。尽管章太炎晚年的行为也有使人失望之处，却仍保持了爱国主义晚节。民国二十五年（1936年）6月14日，章太炎病逝。
当时的北京大学，有名的教授，大多出之于章太炎的门下，如：黄侃、朱希祖、钱玄同、周树人（鲁迅）、沈兼士等。章太炎为人戏谑，以太平天囯为例，封黄侃为天王，汪东为东王，朱先生为西王，钱玄同为南王，吴承仕为北王。当年二十七岁的胡适独树一帜，在大师环伺的北京大学，教起《中国哲学史》，其讲义《中国哲学史大纲》颇多沿袭章太炎在《国故论衡》下卷“诸子学”诸篇的观点。胡适实为章太炎中年以前学术衣钵的继承者。但此时章太炎本人的学术已经有所转向，故对胡适的中国哲学史研究不甚满意（参见章太炎《与柳诒徵书》）。胡适则在《五十年来中国之文学》(1922)中说：“章炳麟的古文学是五十年来的第一作家，这是无可疑的。但他的成绩只够替古文学做一个很光荣的下场，仍旧不能救古文学的必死之症， 仍旧不能做到那‘取千年朽蠹之馀，反之正则’的盛业。”
梁启超《清代学术概论》（1922）称章太炎为清学正统派的“殿军”。
鲁迅在1936年临终时回忆其师章太炎：“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯包藏祸心者，并世无第二人；七被追捕，三入牢狱，而革命之志终不屈挠者，并世亦无第二人。这才是先哲的精神，后生的楷模。”强调其革命精神和思想深度，而相对忽略其学术业绩，奠定了中华人民共和国建立以至1980年代大陆评价与研究章太炎的主调。